Derrière les salles d’exposition, se cachent les réserves de l’Historial : Plus de 800 m² qui accueillent quelques 15 000 objets des collections départementales.
Leur particularité est de combiner les archives du sol (dépôt archéologique départemental) et des collections pluridisciplinaires de type « musée » appartenant au Conseil Général de la Vendée.
Cette coexistence suppose une organisation drastique afin de conserver dans les meilleures conditions les richesses du passé vendéen.
Avant d’accéder aux réserves, les collections passent par la salle de transit. Cet espace permet le traitement des pièces et leur étude avant l’intégration dans les réserves. Il peut également servir d’espace de décontamination et dépoussiérage.
À proximité se trouvent également deux salles de traitements : une pour les collections du musée et l’autre pour les archives du sol.
Véritables laboratoires, ces salles sont équipées de matériels performants permettant d’assurer sur place l’inventaire et le conditionnement avant stockage, la conservation préventive et la restauration dans des conditions de travail efficientes.
Les réserves, espace sain et climatisé, s’étendent sur deux niveaux. Les collections qui y sont stockées sont organisées et classées de manière rigoureuse. Le conditionnement utilisé respecte la nature de chaque objet.
Au rez-de-chaussée, les tableaux, les objets historiques et ethnographiques, les collections archéologique et géologique, les documents graphiques, le lapidaire et les archives du sol, sont conservés dans des compactus, des meubles à plans et un palettier.
Sur la mezzanine se trouvent, conservés dans des rayonnages, les objets historiques et ethnographiques de grandes dimensions, les textiles, les documents graphiques en boîte et les archives du sol
Les objets exposés peuvent être de cette manière renouvelés régulièrement, leur accès étant facilité et leur état suivi de près. Dans cette optique, une politique de conservation préventive / restauration a parallèlement été mise en place depuis plusieurs années. Deux laboratoires et une salle de transit ont également été prévus pour traiter les collections et recevoir les restaurateurs.